截至2014年,南京有普通中学223所,在校学生22.28万人;中等职业学校30所,在校学生7.33万人;普通小学345所,在校学生33.93万人。中小学小班化实验学校185所幼儿园774所,在园幼儿18.74万人,省优质园比例达到66%。
著名中学:南京外国语学校、南师附中、金陵中学、南京市第一中学、中华中学、南京市第九中学、南京市第十三中学、宁海中学等。
著名小学:南京师范大学附属小学、南京市琅琊路小学、南京市力学小学、北京东路小学、南京市长江路小学等。
高等教育
南京是中国高等教育资源最集中的五大城市之一,国家三大高等教育中心  ,国家四大科研教育中心,科教综合实力仅次于北京、上海,居全国第三位  ,拥有的国家重点学科居全国第三位。截至2014年,在宁工作的两院院士83人,每万人中大学生数量超过1100人,普通高等学校共有54所,在校大学生70.23万人,研究生培养机构31个,在校研究生10.30万人 ,每万人拥有在校大学生数量居中国第一,每万人拥有在校研究生数量居中国第二,在南京的中国科学院和中国工程院院士数量居全国第三。
南京有仙林大学城江宁大学城浦口大学城,主城内不少高校将新校区建在大学城内,而位于主城的老校区主要供研究生使用。