拥有南京军区南京总医院、江苏省人民医院、江苏省中医院、鼓楼医院、南京医科大学附属一、二、三医院、东南大学附属中大医院等共30余所三甲医院。
截至2014年,南京共有各类卫生机构2383个,其中医院、卫生院207个,疾病预防控制中心17个,妇幼卫生保健机构14个;社区卫生服务中心(卫生院)、社区卫生服务站659个,村卫生室193个。社区卫生服务城市人口覆盖率达100%。